B2B Kolektor CE może współpracować z programami magazynowymi nieobecnymi na liście programu instalacyjnego. Deweloper może zintegrować B2B Kolektor CE ze swoim programem wykorzystując dostarczane wraz z instalatorem API, w którym znajdują się przykłady w C#, VB i C++ Builder 2007). Można też wymieniać dane za pomocą plików tekstowych, przykłady w Menu start > B2B Kolektor CE > Wyślij (produkty.txt) lub Pobierz (kody.txt), co pozwala także korzystać z B2B Kolektor CE bez programu magazynowego.

Smartfony i palmtopy z systemami WM lub WinCE w wersjach 5 lub 6 można wykorzystać do instalowania wersji testowych i demonstracyjnych B2B Kolektor CE.